Processen hvorved celler i levende organismer skaffer energi ved at nedbryde forskellige næringsstoffer.
De fleste organismer på jordens overflade, inklusive planter, bruger ilt til respiration: Den forenklede reaktion: C6H12O6 + 6 O2 → 6 CO2 + 6 H2O + energi
Organismer kan bruge kulhydrater, fedt og proteiner som kulstofkilde i respiration. Nogle organismer er i stand til at leve uden ilt, og bruger for eksempel sulfat, karbonat eller nitrat i stedet for ilt.
I teorien er der samlet set ingen tilførsel af CO2 til atmosfæren fra respiration. Det CO2, der produceres ved respiration, blev oprindeligt fjernet fra atmosfæren ved planternes fotosyntese. Der er altså tale om et lukket system, hvor atmosfærens CO2-indhold ikke ændres, ligegyldigt hvor meget der kommer fra respiration.
En ændring i brugen af land, for eksempel ved rydning af skov, kan dog potentielt forstyrre balancen. Afbrænding af olie er en anden sag, dette øger mængden af CO2 i atmosfæren. Det skyldes, at tidsskalaen er meget længere end nogen organismes livstid. CO2 som blev fjernet for millioner af år siden ved fotosyntese bliver tilføjet nutidens atmosfære.